Theo nội dung thanh tra, việc quản lý, kiểm tra và giám sát quỹ còn tồn tại những hạn chế, trong đó có việc thiếu quy định và cơ chế phối hợp, phân công trách nhiệm đầy đủ giữa các cơ quan liên quan.

Một số doanh nghiệp cũng được ghi nhận còn nợ thuế bảo vệ môi trường. Tại ngày 31/10/2022, tổng số tiền thuế được nêu trong kết luận là 6.323 tỷ đồng; riêng 6/15 thương nhân được thanh tra còn nợ hơn 3.219 tỷ đồng tại thời điểm 30/9/2022.
Kết luận thanh tra cũng đề cập một số trường hợp cụ thể. Tại Thiên Minh Đức, trong giai đoạn 2017-2022, doanh nghiệp cho lãnh đạo mượn hơn 7.485 tỷ đồng; đến thời điểm thanh tra, số tiền còn phải thu từ hai cá nhân được nêu hơn 1.396 tỷ đồng.
Đối với Xuyên Việt Oil, doanh nghiệp được ghi nhận âm vốn chủ sở hữu hơn 462 tỷ đồng, nợ thuế bảo vệ môi trường hơn 1.246 tỷ đồng và nợ Quỹ Bình ổn giá xăng dầu hơn 212 tỷ đồng.
Những số liệu trên cho thấy yêu cầu tăng cường quản lý dòng tiền, minh bạch tài chính và giám sát việc sử dụng Quỹ Bình ổn giá xăng dầu là vấn đề đáng chú ý đối với hoạt động kinh doanh xăng dầu.